1986年起任博士生導師，1987年起任廈門大學歷史研究所所長。1994年，應邀赴英國牛津大學東方研究所合作研究半年，并到荷蘭、比利時、新加坡學術訪問。1996年，受聘臺灣"中央大學"歷史研究所客座教授。曾任全國重點學科專家評議組和國家教委學位委員會學科評議組成員。現任廈門大學歷史研究所所長、《中國社會經濟史研究》主編、林則徐研究會會長、中國史學會理事、國務院學位委員會學科評議組成員，廈門大學學術委員會、學位委員會委員，福建省高校教師職稱評審歷史學科組組長。
楊國楨教授長期致力于明清史和明清社會經濟史的研究，尤對民間契約文書、海洋社會經濟史和林則徐研究造詣較深，是全國重點學科廈門大學專門史(中國經濟史)學科帶頭人。他提出中國封建土地所有權具有多重性結構的"封建土地所有論"，社會區域經濟是社會環境、社會行為和價值體系組合的有機體的概念，建立中國海洋社會經濟史學科和海洋人文社會學的倡議，以及林則徐、陳嘉庚研究和對契約文書體系、契約文化、契約學的論述，受到學術界的重視。主持六五、七五國家社科重點項目"明清福建地區經濟史研究"、七五國家教委社科項目"明清東南區域沿海與山區經濟的比較研究"、《明史新編》，八五國家教委社科項目"明清中國沿海社會與海外移民"，九五福建省社科項目"福建海洋發展研究"、國際合作項目"閩臺社會文化比較研究"等，取得較好的社會效益。論著或合著曾獲全國愛國主義歷史通俗讀物優秀獎、國家教委和福建省社科成果二等獎、中國社會科學院優秀成果一等獎。指導的研究生，已有20人獲博士學位，其中二人擔任博士生導師。1987年，福建人民政府表彰為有突出貢獻的科技工作者。1992年，國務院頒給享受政府特殊津貼證書，福建省人民政府授予省首批優秀專家稱號。1994年，被評為國家有突出貢獻的中青年專家。1995年，被評為廈門大學優秀研究生導師。
著有《林則徐傳》、《陳嘉庚》、《明清土地契約文書研究》、《林則徐論考》、《閩在海中--追尋福建海洋發展史》；合著有《陳嘉庚傳》、《明史新編》、《清代全史》第五卷、《明清時代福建的土堡》、《明清中國沿海社會與海外移民》；主編有《明清福建社會與鄉村經濟》、《李光地研究》、《林則徐》(大型畫冊)；編有《林則徐書簡》、《閩南契約文書綜錄》、《傅衣凌治史五十年文編》、《中國通史參考資料·古代部分第七冊》(參編)；點校有《西海紀游草》。目前承擔九五國家重點圖書項目《海洋與中國叢書》(主編)和《林則徐全集》(副主編)。
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