明代進入了一個穩定持續發展并不斷承舊趨新的時期。明代嗜琴成癖的皇帝很多，如明憲宗（成化）能琴名冠一時，傳世明琴中見有“廣運之寶”印鑒的各式成化御制琴。明思宗（崇禎）也喜好鼓琴，能彈30余首古曲，興致所至，“鼓琴多至丙夜不輒休”。明代擅琴的太監也很多，著名的如明中葉的戴義、黃獻、胡喜諌等。明代藩王造琴、刻譜之多，堪稱空前。尤其是寧王、衡王、益王、潞王，皆好琴，故而官宦及民間彈琴之風盛行一時。

　　作為明代琴樂發達的標志，私人集資刊印琴譜的蔚然成風。不少文人士大夫提倡琴學，將古代傳承下來的琴曲，以及民間尚在流傳的曲目，編纂成譜集，并對其表現內容給予研究和闡釋。從15世紀初到19世紀末的500年間，先后刊印的琴曲譜集達數百種之多，留傳至今的尚有150余種。這不僅使許多古曲得以保存，并且也促進了不同琴派、師承之間的琴藝交流。

　　明洪熙年間的《神奇秘譜》（1425年），是現存年代最早的重要琴曲譜集。編者朱權（1378—1448年），是明太祖朱元璋第十七子。《神奇秘譜》于洪熙元年（1425年）刻印刊行，共分3卷。上卷稱《太古神品》，收16曲，大多為北宋以前的名曲，中、下卷稱《霞外神品》，收48曲，是在宋元間流傳較廣的琴曲。《神奇秘譜》是歷史上聲望最高的傳譜，它對于研究隋唐宋元間的古琴藝術和中國古代音樂的流變，具有重要意義。《太音大全集》是現存年代較早的琴論專集，內容包括制琴、琴式、手勢、雜論、指法、調意等等。其中保存了不少早已散佚的唐宋琴論琴書，如唐趙耶利、陳居士、陳拙；宋田芝翁、楊祖云等人的指法材料。明嘉靖年間琴家汪芝所輯《西麓堂琴統》，也是一部很重要的琴譜。此譜共有25卷，對于研究漢魏六朝以來的琴曲藝術成就，具有重要價值。明代另一部重要的古琴文獻，是明萬歷間琴家蔣克謙所編的《琴書大全》。全書共22卷，前20卷收錄歷代有關琴學的記載，包括聲律、琴制、指法、曲調、彈琴圣賢以及有關琴的詩文681篇。后2卷為琴譜，收琴曲62首。其收錄之豐富，堪稱琴學領域中的百科全書。

　　明代有謝琳、黃土達、楊表正、楊掄等提倡琴歌創作，主張借用古代詩詞歌賦來譜曲。由于此派過分強調“正文對音”，在考慮琴歌的詞曲關系上，拘于一字一音，在一定程度上束縛古琴音樂的發展。針對琴壇中流行的濫填文詞的風氣，明代以嚴澂（號天池）為代表的虞山派琴家，力匡時弊，倡導“清微淡遠”琴風，追求博大和平的音樂意境，刊印了《松弦館琴譜》，在當時琴界產生了很深遠的影響。嚴天池之后，作為虞山琴派宿將之徐上瀛，在繼承歷代琴樂演奏美學思想的精華之后，更綜合了自己無數次的演奏心得和審美體驗，提出了和、靜、清、遠、古、淡、恬、逸、雅、麗、亮、彩、潔、潤、圓、堅、宏、細、溜、健、輕、重、遲、速的《溪山琴況》，對后世琴樂審美思想具有深遠的影響。